中國現(xiàn)代農業(yè)目前面臨有以下六大困境：
1、有產(chǎn)量無品質
幾十年來現(xiàn)代農業(yè)的發(fā)展，農產(chǎn)品的數(shù)量（產(chǎn)量）獲得了極大的提升，完成了國人基本食品數(shù)量的需求。從此我們遠離了糧票、肉票、油票等配給供應的陰影。隨著物流運輸業(yè)的發(fā)展，我們可以隨時隨地獲得來自天南地北的各種農產(chǎn)品供應。
在滿足數(shù)量供應的同時，我們不得不承擔隱形的后果，即農產(chǎn)品的品質嚴重下降成為大多數(shù)民眾并不知情的現(xiàn)象，即便他們覺得現(xiàn)在的東西沒味道了，不好吃了，但也幾乎很少有人去深究農產(chǎn)品的營養(yǎng)品質。
育種以高產(chǎn)為核心目標，化肥的超量使用也是為了高產(chǎn)、化學農藥的使用也是為了保證高產(chǎn)，總之在產(chǎn)量面前，一切讓路。還有誰關注農產(chǎn)品的營養(yǎng)品質呢？幾乎各國所有涉及農產(chǎn)品營養(yǎng)品質研究的結論都指出，現(xiàn)在農產(chǎn)品的營養(yǎng)品質（營養(yǎng)密度）相較幾十年前下降了50%-90%不等。食品營養(yǎng)不均衡造成的“隱形饑餓”已經(jīng)成為普遍現(xiàn)象，這不得不說是現(xiàn)代農業(yè)的悲哀。
民以食為天，不僅僅是能吃飽，吃的本質還是獲取足夠全面均衡的營養(yǎng)，每天填塞了一大堆高熱量不平衡的食品，給我們的健康帶來了長遠的健康隱患。
2、不可持續(xù)
現(xiàn)代石油農業(yè)的生產(chǎn)模式除了依靠機械化以外，主要是依靠消耗不可再生能源的投入來實現(xiàn)高產(chǎn)。但是站在資源轉換的角度看，這是很荒謬的現(xiàn)象。以中國為例，我們每年消耗大約6000萬噸化肥，生產(chǎn)了6億噸糧食、近7億噸蔬菜和3億噸水果（以蔬菜為例，按照每人每天500克，大概足夠36億人吃一年）。這6000萬噸化肥所消耗的不可再生資源：2億噸優(yōu)質煤、156億立方米天然氣和592億度電。
3、環(huán)境污染
現(xiàn)代農業(yè)模式還造成了巨大的環(huán)境污染，除了開采礦物資源所造成的環(huán)境污染，還有過量使用化肥造成的土壤毀滅性的破壞，以及近7成的化肥造成的水體富營養(yǎng)化污染和氮氧化物排放污染。
4、比較效益低下
低品質農產(chǎn)品全面過剩，導致低價競爭，形成劣幣驅逐良幣的畸形市場。低價競爭的惡性循環(huán)進一步造成生產(chǎn)端效益越來越低，農民生產(chǎn)一畝地糧食的一年的純收入不及在城市中打工一天的收入，如此的比較效益讓更多的農民放棄了農業(yè)生產(chǎn)。
5、食品安全
化肥農藥的大量使用，給農產(chǎn)品的安全帶來了極大的威脅。打著符合國情旗號的、忽視了慢性中毒威脅的無公害標準早該被淘汰了，農產(chǎn)品安全的低標準意味著全社會要付出更大的醫(yī)療成本。
6、生態(tài)鏈破壞了
自然界原有的生態(tài)鏈被破壞，生態(tài)多樣性被破壞。
環(huán)境污染嚴重、公共服務差、農產(chǎn)品有量無質、農民收入低......在未來農業(yè)道路中必須要解決這些問題。